Papurau'n ymwneud â'r organ, gan gynnwys llyfrau cofnodion Pwyllgor yr Organ, 1893-1900, 1900-1908, a 1909-1911; llythyrau cais, 1910, am swydd organydd; llyfr cofnodion dewis organydd, 1946, a chofnodion y Pwyllgor Cerdd 1947; ynghyd â llythyr, 1985, am gyflwr yr organ.
Llyfr cofnodion a llythyrau, 1909, yn ymwneud â galw gweinidog newydd pan ddewiswyd y Parchedig John Owen.
Pwyllgor Lleol y Llysoedd Cyfundebol
Cofnodion, 1938-1970, yn ymwneud â threfnu cyfarfodydd Cymdeithasfa'r Gogledd.
Llythyrau'n ymwneud â'r Pwyllgor Bugeiliol, 1989-1991, yn arbennig dewis olynydd i'r Parch. Trefor Jones i fod yn gyfrifol am Ofalaeth Bresbyteraidd Caernarfon (Eglwysi Beulah, Engedi a Phenygraig). Ceir hefyd gofnodion y pwyllgor a phwyllgorau eraill, 1989-1996, gan gynnwys Pwyllgor y Tair Eglwys.
Papurau a gasglwyd gan William Roberts, Bod Gwilym, yn rhinwedd ei swydd fel blaenor yn Eglwys Engedi ac fel ysgrifennydd ystadegol. Ymhlith y papurau ceir anerchiad J. W. Jones 'Pentwthill-Adgofion a Golygfeydd' ar gyfer Cymdeithas Lenyddol Engedi, 1902, a thorion o'r wasg a ffotograffau'n ymwneud â dathlu canmlwyddiant yr Eglwys yn 1942. Ceir papurau rhai blaenoriaid a'i ragflaenodd hefyd.
Manylion am hanes codi Eglwys Beulah, ynghyd â llythyrau, 1884-1886, yn ymwneud â'r gwaith hwn a thocyn aelodaeth aelod yn Eglwys Moriah, 1844, a phenderfyniadau cyfarfod o swyddogion Eglwysig Moriah ac Engedi, 1849. Ceir hefyd ymdriniaeth 'Cipdrem ar Fywyd Ysbrydol Engedi Ddeugain Mlynedd yn ol' a gyflwynwyd yn 1936, taflen Dathlu Canmlwyddiant a Hanner 1842-1992 Eglwys Engedi, a thaflenni gwasanaethau Nadolig, 1992-1996.
Capel Moriah (Caernarfon, Wales)
Llythyrau, 1988-1995, yn ymwneud â phrynu a gwerthu'r tir a ddefnyddiwyd fel maes parcio Eglwys Engedi.
Llythyrau, 1986-1991, yn trafod materion amrywiol yn ymwneud â'r Eglwys.
Llythyrau, 1967-1979, yn ymwneud â gofalwyr yr Eglwys, ynghyd â thaflenni ystadegol, 1967-1977.
Ymhlith y papurau ceir rhaglen Cymdeithas Lenyddol Engedi, 1997-1998.
Ceir rhaglen gwasanaeth Nadolig 1997 ymhlith y papurau.
Adroddiad pensaernïol ar gyflwr y nenfwd, 1997, a baratowyd ar gyfer Eglwys Bresbyteraidd Cymru, ynghyd ag amcangyfrifon, 1998, a chofnodion y Pwyllgor Adeiladu, 1997-1998.
Mae rhaglen gwasanaeth Nadolig 1996 a thaflen gwasanaeth sefydlu'r Parchedig Harri Parri yn weinidog gofalaeth Eglwysi Caernarfon hefyd ymhlith y papurau.
Llythyrau ac amcangyfrifon, 1995-1998, yn ymwneud â'r diffygion yn y nenfwd, a chofnodion y Pwyllgor Adeiladau, 1996.
Ymhlith y papurau mae rhaglen gwasanaeth Nadolig 1995.
Llythyrau, 1994-1995, ynghyd ag adroddiad y syrfewr, 1994, ar gyflwr yr Eglwys ac ar ddiffygion yn y nenfwd, 1995.
Llythyrau a phapurau ariannol, 1994.